RNA聚合酶III啟動子的特點是它們通常位于基因內部。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了兩種類型的聚合酶III內部啟動子。第一種類型通常發(fā)現(xiàn)于（）基因中，它包含兩個稱為A盒和C盒的保守序列。轉錄因子（）結合于C盒上并能吸引（）因子。另一種類型的聚合酶III啟動子是上游啟動子，它發(fā)現(xiàn)于一些編碼（）的基因上。這些啟動子可能具有PSE，OCT元件和（）框。因為（）框已經(jīng)足以起始轉錄，所以當有其他元件存在，轉錄的效率就提高了。